יש מקרים בהם מוחזר החלק היחסי של אגרת הרישוי לבעל הרכב:

• אובדן גמור
• גניבת רכב
• הפקדה
• תשלום כפול
• תשלום נכות

אזרח שמגיע לו החזר בשל אחת מהסיבות הנ"ל, עליו להגיש בקשה למשרד הרישוי להחזר תשלום אגרת רישוי, באמצעות טופס החזר תשלום רכב ובצירוף צילום צ'ק ריק לאימות נתוני הבנק. ניתן להגיע אישית למשרד הרישוי או לשלוח את הבקשה בדואר ישראל.
החזר בגין רכב גנוב ואובדן, ניתן לפנות דרך חברות הביטוח, וכדי שהבקשה תוזן למערכת הרישוי עם הפרטים המדוייקים של הבנק, יש להעביר נתונים נכונים.
הטיפול באגף הכספים אורך בין שלושה לשישה חודשים מיום הזנת הבקשה למערכת הרשוי. במידה ובתום תקופה זו ולאחר בדיקת החשבון בבנק, נמצא שלא הוחזר הכסף, ניתן לשלוח פקס ל- 02-6663254.
בקשה שתועבר לאגף הכספים ללא פניה קודמת לרישוי או לחברת הביטוח לא תטופל.